Fat Ninja er et ninjaspill om sniking. Bruk ninjaferdighetene dine og prøv å unngå å bli oppdaget av sikkerhetsvaktene mens du tar deg gjennom bygningen. Bruk din dømmekraft til å avgjøre om du skal gjemme deg, eller bruke et av angrepene dine for å drepe vaktene. Du kan gjemme deg bak gjenstander eller hoppe opp og henge i taket. Du kan angripe med sverdet ditt eller bruke ditt hemmelige våpen, prompene dine. Hver gang du blir oppdaget, vil alarmbaren bli høyere, og hvis den når slutten, er spillet over.