Sett i det gamle Japan er Shadow of the Ninja et sidescrollende puzzle-plattformspill med rik grafikk og animasjon. Spillere vil innta rollen som Akane, en lærling-ninja, når hun bruker ikke-dødelige snikekrefter som usynliggjøring og teleportering for å gjenvinne sin fredelige landsby fra en ond samurai-klan.